La Secretaría de Relaciones Nacionales e Internacionales (SRNI) es una unidad que depende directamente de la Rectoría. Su principal función es coordinar y gestionar las relaciones  internacionales e interinstitucionales, especialmente lo relacionado a cooperación internacional y posicionamiento institucional.

A nivel internacional, la SRNI es el puente que une cooperantes, embajadas, instituciones, organismos y entidades internacionales con la Rectoría, Facultades, centros e institutos de investigación y comunidad universitaria en general, lo que la convierte en un referente de la Universidad de El Salvador a nivel externo.

Por otra parte, es la responsable de asesorar y acompañar el proceso de revisión y firma de convenios, cartas de entendimiento o intención; y el proceso de donaciones.

En términos generales, la Secretaría de Relaciones Nacionales e Internacionales es una unidad estratégica dado que construye espacios que propician la colaboración interinstitucional a nivel nacional e internacional y el establecimiento de contactos en redes y consorcios, provocando en consecuencia la proyección y visibilidad de la acción universitaria a nivel nacional e internacional con base en iniciativas de colaboración e integración.

Funciones: 
1. Coordinar la gestión de cooperación técnica y financiera con y entre las facultades, Centros de Investigación y Unidades de oficinas centrales. 

2. Establecer relaciones de cooperación con organismos Internacionales, Cuerpo Diplomático y organizaciones gubernamentales y no gubernamentales a nivel nacional e internacional. 

3. Realizar seguimiento, evaluación y monitoreo de proyectos de infraestructura, equipamiento o de desarrollo académico financiados con fondos externos. 

4. Gestionar financiamiento para realizar giras de gestión de cooperación. 

5. Gestionar, concretar y dar seguimiento a la firma de convenios y cartas de intención. 

6. Gestionar con las facultades la presentación de las iniciativas de proyectos ante organismos de Cooperación Internacional. 

7. Acompañar y atender misiones, expertos y funcionarios nacionales e internaciones en movilidad internacional y con los cuales se realizan procesos de colaboración conjunta. 

8. Apoyar proceso de movilidad académica tanto de programas internacionales y de los propios, según competencia. 

9. Aportar a la mejora de la imagen institucional, así como actividades prioritarias que fomenten la internacionalización de la institución.